Awal mula dari Majelis Pendidikan Tinggi Penelitian dan Pengembangan PP Muhammadiyah berupa Majelis Pendidikan dan Pengajaran PP Muhammadiyah yang disingkat dengan MPP PP Muhammadiyah yang dipimpin oleh HS Prodjokusumo dan mengingat perkembangan Perguruan Tinggi Muhammadiyah yang terus berkembang maka disepakati untuk membentuk Majelis yang menangani langsung Pendidikan Tinggi dan kemudian disebut Majelis Pendidikan Tinggi Penelitian dan Pengembangan PP Muhammadiyah.

Adapun yang diberi amanat untuk menjabat sebagai ketua pertama kalinya adalah Drs. H.M. Djazman Al-Kindi. Jumlah Perguruan Tinggi Muhammadiyah periode kepemimpinan Drs. H.M. Djazman Al-Kindi ada 78 PTM yang terdiri dari Universitas 23 buah, Institut 10 buah, Sekolah Tinggi 36 buah, dan Akademi 9 buah dan disamping itu pula kepengurusan Drs. HM. Djazman Al Kindi telah meninggalkan momentum Gedung Pusat Penelitian dan Pengembangan PTM di Jl. Kaliurang Km 25 Ngipiksari Hargobinangun Pakem serta meninggalkan beberapa buku pedoman bagi PTM diantaranya : Buku Pedoman Administrasi Keuangan PTM, Buku Pola Pembinaan Kemahasiswaan PTM, Buku Memasuki Fase Baru PTS dan lain-lain. Disamping itu dalam upaya untuk menjalin kerjasama antar PTM, Majelis Diktilitbang PP Muhammadiyah menerbitan Warta PTM yang dihimpun sangat sederhana dan dengan isi yang bermanfaat bagi kalangan PTM.

Kepemimpinan Periode ke Periode :

  1. Periode 1986-1990, Majelis Diktilitbang dipimpin oleh Drs. H.M. Djazman Al-Kindi
  2. Periode 1990-1995, Majelis Dikti dipimpin oleh Dr. H. Yahya A. Muhaimin
  3. Periode 1995-2000, Majelis Dikti dipimpin oleh Prof. Dr. Umar A. Jenie, Apt.
  4. Periode 2000-2005, Majelis Diktilitbang dipimpin Prof. H. Zamroni, Ph.D.
  5. Periode 2005-2010, Majelis Diktilitbang dipimpin oleh Dr. H. Masykur Wiratmo, M.Sc., tetapi karena terjadi musibah ketika menjalan tugas, maka kepemipinan diamahkan kepada Prof. Dr. H. Chairil Anwar.
  6. Periode 2010-2015, Majelis Diktilitbang dipimpin oleh Prof. Dr. H. Chairil Anwar.
  7. Periode 2015-2020, Majelis Diktilitbang dipimpin oleh Prof. H. Lincolin Arsyad, M.Sc., Ph.D.
  8. Masa Jabatan 2023-2027 Majelis Diktilitbang dipimpin oleh Prof. Dr. Bambang Setiaji, M.Si.