Universitas Muhammadiyah Yogyakarta menjadi perguruan tinggi swasta terbaik peringkat 4 di Indonesia versi 4ICU pada Juli 2013, 4ICU adalah penilaian secara independen. Pemeringkatan popularitas perguruan tinggi di dunia internet yang dilakukan oleh 4ICU menggunakan algoritma dari lima web metric berbeda dari tiga search engines yang independen dan saling terpisah yaitu Google Page Rank, Alexa Traffic Rank, Majestic Seo Referring Domains, Majestic Seo Citation Flow, dan Majestic Seo Trust Flow. Tercatat 11.160 perguruan tinggi dari 200 negara yang dinilai 4ICU.

Perguruan tinggi yang dinilai dalam pemeringkatan ini adalah perguruan tinggi yang diakui, terlisensi, dan terakreditasi oleh kementerian pendidikan di negaranya masing-masing, memiliki program sarjana dan atau pascasarjana, serta masih menggunakan metode tatap muka dalam proses pembelajaran.

Berikut daftar 20 perguruan tinggi terbaik di Indonesia versi 4ICU :

1  Universitas Gadjah Mada

2  Universitas Indonesia

3  Institut Teknologi Bandung

4  Universitas Muhammadiyah Yogyakarta

5  Universitas Kristen Petra

6  Universitas Padjadjaran

7  Universitas Brawijaya

8  Universitas Sebelas Maret

9  Universitas Diponegoro

10  Universitas Sumatera Utara

11  Institut Pertanian Bogor

12  Universitas Katolik Indonesia Atma Jaya Jakarta

13  Universitas Airlangga

14  Universitas Gunadarma

15  Universitas Sriwijaya

16  Universitas Nusa Cendana

17  Institut Teknologi Sepuluh Nopember

18  Universitas Pendidikan Indonesia

19  Universitas Mercu Buana   Jakarta

20  Universitas Bina Nusantara